Difference: PdsData (2 vs. 3)
Revision 330 Oct 2007 - Main.KdDerr
Densitometer dataStartx -- -depth 8 | ||||||||
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| Cd /home/nsfhome/kderr/pds-… Change .HDR and .IMG files to lowercase | ||||||||
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| Mv HDR filename.hdr | ||||||||
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| Pds2mrc (for PDS) | ||||||||
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| New title-title-set #-film#-mag-machine-um size-date-speed-initials Or (for Zeiss) | ||||||||
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| Open IMOD in another shell | ||||||||
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| Cd /cryoem/IMOD/IMOD-linux.csh | ||||||||
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| Tiff2mrc FILENAME.tif filename.mrc | ||||||||
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| New title-title-set #-film#-mag-machine-um size-date-speed-initials Fftrans FILENAME.mrc filename.fft | ||||||||
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| Mrcdisp filename.fft | ||||||||
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| Sctravgft (scatter average ft) | ||||||||
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| ALL defaults OK | ||||||||
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| Enter file name [def.fft] filename | ||||||||
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| Sector [def 5] | ||||||||
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| Enter output name [def filename.ctf](ctf=contrast transfer function) | ||||||||
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| Table size [def 1024] | ||||||||
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| All sectors using defocus amount [def N] | ||||||||
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| Subctfbkg | ||||||||
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| Remove parenthesis with dialog on third line | ||||||||
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| Must rename file | ||||||||
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| Control C to exit | ||||||||
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| Use mv to move data back into original file | ||||||||
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| Gnuplot | ||||||||
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| Plot “filename.ctf” | ||||||||
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| Set xrange[0:512] | ||||||||
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| Set yrange[0:250] | ||||||||
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| Replot | ||||||||
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| Set title “collection parameters, date, initials” | ||||||||
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| Replot | ||||||||
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| Set term postscript color | ||||||||
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| Set output “filename.ctf.ps” | ||||||||
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| Replot | ||||||||
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| Set term x11 | ||||||||
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| Quit | ||||||||
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| Lpr filename (to print) | ||||||||
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| Subctfbkg | ||||||||
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| Plot signal to noise ratio as .snr | ||||||||
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